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专书
(编撰)- 皮国立，《医通中西—唐宗海与近代中医危机》，台北：三民书局，2006。
- 皮国立，《近代中医的身体与思想转型——唐宗海与中西医汇通时代》，北京：三联书店，2008。
- 皮国立，《台湾日日新—当中药碰上西药》，台北：台湾书房，2009。
- 皮国立，《「气」与「细菌」的近代中国医疗史—外感热病的知识转型与日常生活》，台北：国立中国医药研究所，2012。
- 皮国立，《国族、国医与病人：近代中国的医疗和身体》（ISBN：978-957-11-8084-7），台北：五南图书出版股份有限公司，2016。
- 刘士永、皮国立主编，《卫生史新视野：华人社会的身体、疾病与历史论述》，台北：华艺学术出版，2016。
- 皮国立，《虚弱史—近代华人中西医学的情慾诠释与药品文化(1912～1949)》，台北：商务印书馆，2019。
- 皮国立，《近代中西医的博弈：中医抗菌史》，上海：中华书局，2019。（2023年再刷一版）
- 皮国立，《近代中国医学的挑战与回应》，香港：香港理工大学中国文化学系•孔子学院。(出版中)
- 皮国立，《跟史家一起创作：近代史学的阅读方法与写作技艺》，台北：远足，2020。（2021年再刷一版）
- 皮国立、杨善尧主编，《忆载航空城》，桃园：桃园市政府文化局，2022。
- 皮国立，《全球大流感在近代中国的真相：一段抗疫历史与中西医学的奋斗》，台北：时报出版社，2022。
- 皮国立，《国族、国医与病人：近代中国的医疗和身体(修订再版)》，台北：五南图书出版股份有限公司，2022。
- 皮国立，《中医不科学？1920-1930年代的社会舆论》(上)(下)册，台北：民国历史文化学社，2022。
- 皮国立主编，皮国立、杨善尧、吴淳畇、李万年编写，《溪医：捕捉大溪传统医药从业人员的身影》，桃园市：桃园市立图书馆，2022。
- 皮国立主编，《华人大补史：吃出一段近代东亚补养与科技的历史》，台北：时报出版社，2023年2月。
- 皮国立、杨善尧主编，《航空城文化与军事记忆》，桃园：桃园市文化局，2023。
- 皮国立主编，《走过「废除中医」的时代：近代传统医学知识的变与常》，台北：民国历史文化学社，2023。
- 皮国立，《晚清身体诊疗室：唐宗海与中西医的对话》，台北：东大出版社，2023。
- 皮国立、杨善尧、蔡长廷、林奇龙、方慧芯(合着)，《板块漂移：大园航空城区民间信仰田调纪录》，桃园：桃园市政府文化局，2023。
- 皮国立，《最「潮」中医史：以形补形行不行，古人医病智慧超展开》，台北：三民书局，2023。
- 皮国立、陈倩姿编着，林昭庚口述，《做人做事做学问：中西医结合之父—林昭庚院士的学思历程》，桃园：中央大学出版社；台北：远流出版公司，2023。（2024再刷5版）
- 陈麒方、皮国立主编，《中医临床研究与应用》，台北：翰芦图书，2024。
- 皮国立，《华人壮阳史：从情慾诠释到药品文化，近代中西医学的滋补之道》，台北：商务印书馆，2024。(本书为《虚弱史》增补版，共增加100馀页)
- 皮国立、杨善尧主编，《史学玩应用―台湾应用史学探究集》，新北：喆闳人文工作室，2024。