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專書
(編撰)- 皮國立，《醫通中西—唐宗海與近代中醫危機》，臺北：三民書局，2006。
- 皮國立，《近代中醫的身體與思想轉型——唐宗海與中西醫匯通時代》，北京：三聯書店，2008。
- 皮國立，《臺灣日日新—當中藥碰上西藥》，臺北：臺灣書房，2009。
- 皮國立，《「氣」與「細菌」的近代中國醫療史—外感熱病的知識轉型與日常生活》，臺北：國立中國醫藥研究所，2012。
- 皮國立，《國族、國醫與病人：近代中國的醫療和身體》（ISBN：978-957-11-8084-7），臺北：五南圖書出版股份有限公司，2016。
- 劉士永、皮國立主編，《衛生史新視野：華人社會的身體、疾病與歷史論述》，臺北：華藝學術出版，2016。
- 皮國立，《虛弱史—近代華人中西醫學的情慾詮釋與藥品文化(1912～1949)》，臺北：商務印書館，2019。
- 皮國立，《近代中西醫的博弈：中醫抗菌史》，上海：中華書局，2019。（2023年再刷一版）
- 皮國立，《近代中國醫學的挑戰與回應》，香港：香港理工大學中國文化學系•孔子學院。(出版中)
- 皮國立，《跟史家一起創作：近代史學的閱讀方法與寫作技藝》，臺北：遠足，2020。（2021年再刷一版）
- 皮國立、楊善堯主編，《憶載航空城》，桃園：桃園市政府文化局，2022。
- 皮國立，《全球大流感在近代中國的真相：一段抗疫歷史與中西醫學的奮鬥》，臺北：時報出版社，2022。
- 皮國立，《國族、國醫與病人：近代中國的醫療和身體(修訂再版)》，臺北：五南圖書出版股份有限公司，2022。
- 皮國立，《中醫不科學？1920-1930年代的社會輿論》(上)(下)冊，臺北：民國歷史文化學社，2022。
- 皮國立主編，皮國立、楊善堯、吳淳畇、李萬年編寫，《溪醫：捕捉大溪傳統醫藥從業人員的身影》，桃園市：桃園市立圖書館，2022。
- 皮國立主編，《華人大補史：吃出一段近代東亞補養與科技的歷史》，臺北：時報出版社，2023年2月。
- 皮國立、楊善堯主編，《航空城文化與軍事記憶》，桃園：桃園市文化局，2023。
- 皮國立主編，《走過「廢除中醫」的時代：近代傳統醫學知識的變與常》，臺北：民國歷史文化學社，2023。
- 皮國立，《晚清身體診療室：唐宗海與中西醫的對話》，臺北：東大出版社，2023。
- 皮國立、楊善堯、蔡長廷、林奇龍、方慧芯(合著)，《板塊漂移：大園航空城區民間信仰田調紀錄》，桃園：桃園市政府文化局，2023。
- 皮國立，《最「潮」中醫史：以形補形行不行，古人醫病智慧超展開》，臺北：三民書局，2023。
- 皮國立、陳倩姿編著，林昭庚口述，《做人做事做學問：中西醫結合之父—林昭庚院士的學思歷程》，桃園：中央大學出版社；臺北：遠流出版公司，2023。（2024再刷5版）
- 陳麒方、皮國立主編，《中醫臨床研究與應用》，臺北：翰蘆圖書，2024。
- 皮國立，《華人壯陽史：從情慾詮釋到藥品文化，近代中西醫學的滋補之道》，臺北：商務印書館，2024。(本書為《虛弱史》增補版，共增加100餘頁)
- 皮國立、楊善堯主編，《史學玩應用―臺灣應用史學探究集》，新北：喆閎人文工作室，2024。