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期刊论文
1. 吴学明，1977.5，〈由墨子探讨墨子的政治思想〉，《史辙》，第2期，页45-64。2. 吴学明，1984.1，〈金广福的组成及其资金〉，《史联杂志》，第4期，页21-52 。
3. 吴学明，1984.12，〈北部台湾的隘垦组织 ── 以「金广福」为例〉，《台北文献》，直字第76期，页161-230 。
4. 吴学明，1985.9，〈北埔姜家史料的发掘与金广福史实的重建〉，《台湾风物》，第35卷，第3期，页121-147。
5. 吴学明，1988.12，〈北台湾第一书院 ── 泰山明志书院沿革之研究〉，《台北文献》，直字第86期，页103-118 。
6. 吴学明，1994.3，〈日本殖民统治下台湾乡村社会的变迁 ── 以新竹北埔为例〉，《台北文献》，直字第107期，页23-67 。（国科会研究成果奖助）
7. 吴学明，1994.5，〈清代竹堑城周姓族人研究〉，《明志工专学报》，第 26 期，页219-232 。
8. 吴学明，1994.9，〈清代头前溪中上游地区的土地开垦(上)、(下)〉，《台北文献》，直字第108（页1-48）、109期，页16-67。（国科会研究成果奖助）
9. 吴学明，1995.5，〈萧一山的「民族革命」史观〉，《明志工专学报》，第 27 期，页255-268 。
10. 吴学明，1995.12，〈清代一个务实拓垦家族的研究 ── 以新竹姜朝凤家族为例〉，《台湾史研究》，第 2 卷第 2 期，页5-52。（国科会研究成果奖助）
11. 吴学明，1997.9，〈台湾基督长老教会的三自运动 (1865-1945)〉，《台北文献》，直字第121 期，页 83-152 。（国科会研究成果奖助）
12. 吴学明，1999.12，〈台湾基督长老教会入台初期的一个文化面相「靠番仔势」〉，《国立台南师范大学乡土文化研究所学报》，第1期，页101-130 。
13. 吴学明，1999.12，〈闽粤关系与新竹地区的土地开垦〉，《客家文化研究通讯》，第2期，页15-19。
14. 吴学明，2003.9，〈基督长老教会在南台湾的传教与扩展 ( 1865-1945 )〉，《史汇》，第7期，页1-26 。
15. 吴学明，2003.12，〈台湾斋堂个案研究──以大溪斋明寺为中心〉，《人文学报》，第 28 期，页125-166 。
16. 吴学明，2004.4，〈终战前台南「长老教中学」的历史观察〉，《国立台南师范学院学报》第 38 卷第1期，页1-24 。
17. 吴学明，2012.12，〈终战前在台基督教派关系之研究〉，《台湾文献》第63卷第4期，页101-136。
18. 吴学明，2016.3，〈杨梅的土地拓垦与义民信仰祭典区之历史考察〉，《桃园文献》，创刊号，页45-74。
19.吴学明，2017.6，〈大溪源流:斋明寺和客家族群之间的流变〉，《桃园客家》，第8期，页12-15。
20.吴学明，2017.9，〈南崁褒忠亭:兼谈桃园市的义民信仰〉，《桃园客家》，第9期，页106-115。
21.吴学明，2018.3，〈乩童与义民信仰的扩散〉，《新竹文献》，第68期，页8-26。