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研究计画
1. 吴学明，「台湾基督教长老教会信徒社会流动研究」，（2003/08~2004/07），国科会。2. 吴学明，「台湾总督府档案收录之古契约文书建档及标校计画」，（2004/07~2004/10），国立台中图书馆。
3. 吴学明，「客家古文书之收集计画第二期」，（2004/04~2004/11），行政院客委会。
4. 吴学明，「台湾政教关系之研究－以终战前台湾基督教长老会为中心」，（2004/08~2005/07），国科会。
5. 吴学明，「客家古文书之收集计画第三期」，（2005/04~2005/11），行政院客委会。
6. 吴学明，「从传统到现代：中坜、平镇的客家历史变迁」，（2006/04~2006/11）行政院客委会。
7. 吴学明，「从台湾到海外：客家移民的跨国比较研究」，（2006/05~2006/12），中央大学「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」。
8. 吴学明，「从台湾到海外：客家移民的跨国比较研究」，2007.2-12，中央大学发展国际一流大学及顶尖研究中心计画。
9. 吴学明，「客家古文书收集、导读与出版计画」，2007.4-11，行政院客家委员会。
10. 吴学明，「客家地域社会研究：杨梅地区的历史与宗教」，2007.4-11，行政院客家委员会。
11. 吴学明，2008.4，〈第二章纸寮窝造纸业历史研究〉，林晓薇教授主持，《芎林乡纸寮窝文化环境保存及活化规划》，中坜：中原大学建筑研究所，页16-24 。
12. 吴学明，「两岸发展史研究中心－两岸发展史研究期刊」，2008.1-12，中央大学发展国际一流大学及顶尖研究中心计画。
13. 吴学明，「从台湾到海外：客家移民与新移民的跨国比较研究」。中央大学发展国际一流大学及顶尖研究中心计画。2008.1-12.。
14. 吴学明，「台湾客家族群的聚落、历史与社会变迁：以凤山、头前、中港及后龙四溪流域为范围之跨学科研究」项下子计画「头前溪、凤山溪流域的三官信仰研究」，2008.1-2008.12，国科会( NSC 97-0399-05-0301-21)。
15. 吴学明，「台湾客家族群的聚落、历史与社会变迁：以凤山、头前、中港及后龙四溪流域为范围之跨学科研究」项下子计画「头前溪、凤山溪流域的三官信仰研究」，2009.1-2009.12，国科会（NSC 98-0399-06-05-04-21）。
16. 吴学明（共同主持人），「从台湾到海外：客家移民与新移民的跨国比较研究」，2009.1-2009.12，中央大学发展国际一流大学及顶尖研究中心计画。
17. 吴学明，「台湾客家族群的聚落、历史与社会变迁：以凤山、头前、中港及后龙四溪流域为范围之跨学科研究」项下子计画「头前溪、凤山溪流域的三官信仰研究」，2010.1.1-2010.12.31，国科会（NSC 99I511-21）。
18. 吴学明，「桃竹苗地区客家重要家族收藏文献调查暨数码化计画」，2010.5.1-2012.10.31，行政院客家委员会台湾客家文化中心筹备处。
19. 吴学明，「台湾客家聚落之信仰调查：变与不变—义民爷信仰之扩张与演变」，2010.6.1-2012.7.31，国史馆台湾文献馆/客家委员会。
20. 吴学明，「经济、宗教与教育：桃园地域社会研究」，2010年4月1日-2012年12月31日，教育部迈向顶尖大学计画尖端研究。
21. 吴学明，「续修台北市志经济志」，2011年-2014年10月31日，台北市政府文献会。
22. 吴学明，「续修台北市志—经济志纂修计画」，2011.2.8-2015.2.7，台北市文献委员会。
23. 吴学明，「经济、宗教与教育：桃园地域社会研究」，2012.4.1-2012.12.31，国立中央大学迈向顶尖大学计画。
24. 吴学明，「续修桃园市志编纂计画」，2014.4.1-2014.10.31，桃园市公所。
25. 吴学明，2015.10.1-2016.10.31，「104年度桃园文献期刊编印计画」，桃园：桃园市政府文化局，1,800,000元。（协同主持人）
26.吴学明，2016.6-2016.8，「2016桃园研究论坛：历史文化」补助案计画，桃园市政府文化局，250,000元。