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研究計畫
1. 吳學明，「臺灣基督教長老教會信徒社會流動研究」，（2003/08~2004/07），國科會。2. 吳學明，「臺灣總督府檔案收錄之古契約文書建檔及標校計畫」，（2004/07~2004/10），國立臺中圖書館。
3. 吳學明，「客家古文書之收集計畫第二期」，（2004/04~2004/11），行政院客委會。
4. 吳學明，「臺灣政教關係之研究－以終戰前臺灣基督教長老會為中心」，（2004/08~2005/07），國科會。
5. 吳學明，「客家古文書之收集計畫第三期」，（2005/04~2005/11），行政院客委會。
6. 吳學明，「從傳統到現代：中壢、平鎮的客家歷史變遷」，（2006/04~2006/11）行政院客委會。
7. 吳學明，「從臺灣到海外：客家移民的跨國比較研究」，（2006/05~2006/12），中央大學「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」。
8. 吳學明，「從臺灣到海外：客家移民的跨國比較研究」，2007.2-12，中央大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫。
9. 吳學明，「客家古文書收集、導讀與出版計畫」，2007.4-11，行政院客家委員會。
10. 吳學明，「客家地域社會研究：楊梅地區的歷史與宗教」，2007.4-11，行政院客家委員會。
11. 吳學明，2008.4，〈第二章紙寮窩造紙業歷史研究〉，林曉薇教授主持，《芎林鄉紙寮窩文化環境保存及活化規劃》，中壢：中原大學建築研究所，頁16-24 。
12. 吳學明，「兩岸發展史研究中心－兩岸發展史研究期刊」，2008.1-12，中央大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫。
13. 吳學明，「從臺灣到海外：客家移民與新移民的跨國比較研究」。中央大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫。2008.1-12.。
14. 吳學明，「台灣客家族群的聚落、歷史與社會變遷：以鳳山、頭前、中港及後龍四溪流域為範圍之跨學科研究」項下子計畫「頭前溪、鳳山溪流域的三官信仰研究」，2008.1-2008.12，國科會( NSC 97-0399-05-0301-21)。
15. 吳學明，「台灣客家族群的聚落、歷史與社會變遷：以鳳山、頭前、中港及後龍四溪流域為範圍之跨學科研究」項下子計畫「頭前溪、鳳山溪流域的三官信仰研究」，2009.1-2009.12，國科會（NSC 98-0399-06-05-04-21）。
16. 吳學明（共同主持人），「從臺灣到海外：客家移民與新移民的跨國比較研究」，2009.1-2009.12，中央大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫。
17. 吳學明，「台灣客家族群的聚落、歷史與社會變遷：以鳳山、頭前、中港及後龍四溪流域為範圍之跨學科研究」項下子計畫「頭前溪、鳳山溪流域的三官信仰研究」，2010.1.1-2010.12.31，國科會（NSC 99I511-21）。
18. 吳學明，「桃竹苗地區客家重要家族收藏文獻調查暨數位化計畫」，2010.5.1-2012.10.31，行政院客家委員會臺灣客家文化中心籌備處。
19. 吳學明，「臺灣客家聚落之信仰調查：變與不變—義民爺信仰之擴張與演變」，2010.6.1-2012.7.31，國史館臺灣文獻館/客家委員會。
20. 吳學明，「經濟、宗教與教育：桃園地域社會研究」，2010年4月1日-2012年12月31日，教育部邁向頂尖大學計畫尖端研究。
21. 吳學明，「續修臺北市誌經濟志」，2011年-2014年10月31日，台北市政府文獻會。
22. 吳學明，「續修臺北市志—經濟志纂修計畫」，2011.2.8-2015.2.7，臺北市文獻委員會。
23. 吳學明，「經濟、宗教與教育：桃園地域社會研究」，2012.4.1-2012.12.31，國立中央大學邁向頂尖大學計畫。
24. 吳學明，「續修桃園市志編纂計畫」，2014.4.1-2014.10.31，桃園市公所。
25. 吳學明，2015.10.1-2016.10.31，「104年度桃園文獻期刊編印計畫」，桃園：桃園市政府文化局，1,800,000元。（協同主持人）
26.吳學明，2016.6-2016.8，「2016桃園研究論壇：歷史文化」補助案計畫，桃園市政府文化局，250,000元。