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專書
1. 吳學明，1986，《金廣福墾隘與新竹東南山區的開發（ 1834-1985 ）》，國立台灣師大歷史所專刊第14 種，臺北：國立台灣師範大學歷史所。2. 吳學明，1998，《頭前溪中上游開墾史暨史料彙編》，新竹：新竹縣立文化中心。
3. 吳學明，2000，《金廣福大隘研究》（上下冊），新竹：新竹縣立文化中心。
4. 吳學明，2003，《從依賴到自立──台灣南部基督長老教會研究》，台南：人光出版社。
5. 吳學明，2006，《台灣基督長老教會研究》，台北：宇宙光出版社。
6. 吳學明，2007，《近代長老教會來台的西方傳教士》，台北：國立編譯館。
7. 吳學明，2012年6月，《古文書的解讀與研究（上）、（下）》，新竹：新竹縣政府文化局。(榮獲國史館臺灣文獻館102年度「獎勵出版文獻書刊暨推廣文獻研究」得獎書刊學術性書刊第一名)
8. 吳學明，2013年10月，《變與不變：義民爺信仰之擴張與演變》，南投市：國史館臺灣文獻館、客家委員會。
9. 吳學明，2015年11月，《六家林氏古文書》，新竹：新竹縣政府文化局。