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期刊論文
1. 吳振漢，1982，〈明代奴僕的生活概況〉，《史原》，第12期，頁27-64。2. 吳振漢，1982，〈明代的主僕關係〉，《食貨月刊》，第12卷4、5期，頁27-43。
3. 吳振漢，1984，〈評介森正夫著《奴變、抗租》〉，《史原》，第13期，頁237-240。
4. 吳振漢，1998，〈台灣現代工業發展初期政商間的仲介人物1950-1960〉，《國立中央大學人文學報》，第16期，頁91-121。
5. 吳振漢，1999，〈王世貞《史乘考誤》所論嘉隆之際史事考釋〉，《國立中央大學人文學報》，第17期，頁65-92。
6. 吳振漢，1999，〈王守仁撫贛時期的文人領軍〉，《國立中央大學人文學報》，第19期，頁35-67。
7. 吳振漢，2000，〈明代前期內閣與吏部主導人事之變遷〉，《國立中央大學人文學報》，第22期，頁71-95。
8. 吳振漢，2001，〈吳宓與毛彥文─鉅變時代下的兩性關係〉，《國立中央大學人文學報》，第23期，頁235-267。
9. 吳振漢，2002，〈明代中葉私修國史之探析〉，《史匯》，第6期，頁1-21。
10. 吳振漢，2003，〈宋端儀《立齋閒錄》研析〉，《國立中央大學人文學報》，第27期，頁1-23。
11. 吳振漢，2003，〈明代邸報的政治功能與史料價值〉，《國立中央大學人文學報》，第28期，頁1-31。
12. 吳振漢，2004，〈一則明末邸報新聞小考〉，《史匯》，第 8 期，頁1-4。
13. 吳振漢，2004，〈明代贓罰探析〉，《明代研究》，第7期，頁1-28。
14. 吳振漢，2006，〈明代塘報的軍事功能與史料價值〉，《人文學報》，第30期，頁209-238。
15. 吳振漢，2008，〈明代非殉節型自殺行為探究〉，《兩岸發展史研究》，第5期，頁1-36。
16. 吳振漢，2008，〈高攀龍與王國維之死比較分析〉，《史匯》，第12期，頁1-7。
17. 吳振漢，2009，〈明儒高攀龍的思想與殉節〉，《國立中央大學人文學報》，第37期，頁29-67
18.吳振漢，2009，〈明末山人之社會網絡和遊歷活動－以何白為個例之研究〉，《漢學研究》，第27卷第3期，頁159-190。
19. 吳振漢，2009，〈明儒高攀龍的思想與殉節〉，《中央大學人文學報》，，第三十七卷第三期，頁29-67。
20. 吳振漢，2010，〈嘉靖朝錦衣衛首長之職權與活動－以陸炳（1510-1560）為例〉，《中央大學人文學報》，第四十二期，頁45-81。
21. 吳振漢，2010，〈從日記到野史－文震孟、文秉父子的史事傳承〉，《史匯》，第十四期，頁1-5。
22. 吳振漢，2012，〈明儒李邦華的治世與殉國〉，《輔仁大學歷史學報》，第二十八期，頁71-102。
23. 吳振漢，2013，〈黃宗羲的南明史學〉，《中央大學人文學報》，第56期，頁29-61。
24. 吳振漢，2015，〈晚明史家的競合關係—以徐學謨、王世貞為例〉，《史匯》，第十八期，頁1-30。
25.吳振漢，2019，〈水利、祭祀、豪強三者之聯動關係-以大溪南興與八德霄裡為中心〉，《經緯桃園》，桃園市政府文化局，頁101~134