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研究計畫
1. 吳振漢，「大二歷史改進教學計畫」，2006.6-2007.7，609,000元，中央大學發展國際一流大學之共同科教學子計畫。2. 吳振漢教授，「大二歷史改進教學計畫」，2007.1-7，909,094元，中央大學發展國際一流大學之共同科教學子計畫。
3. 吳振漢教授，「中國近世文人殉節思想之研究」，2007.7-12，180,000元，中央研究院近代史研究所國內學人短期訪問研究獎勵。
4.吳振漢，「兩岸發展史研究中心總計畫」，2008.1-12，280,000元，中央大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫。
5.吳振漢，「兩岸發展史研究中心—兩岸發展史研究期刊」，2009.1-12，413,000元，中央大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫。
6.吳振漢，「世變下的中國知識分子與文化－遺民史家文秉之研究」，2011年4月1日-101年3月31日，445,000元，中央大學邁向頂尖大學計劃。
7.吳振漢，「世變下的中國知識分子與文化-清初遺民與遺臣的私修明史學-黃宗羲的南明史學」，2012年4月1日-101年3月31日，445,000元，中央大學邁向頂尖大學計劃。
8. 吳振漢，「世變下的中國知識分子與文化—清初遺民與遺臣的私修明史學—黃宗羲的南明史學」，(分項計畫四)，2012.4.1-2012.12.31，220,000元，國立中央大學邁向頂尖大學計畫。
9. 吳振漢，「世變下的中國知識分子與文化—夏允彝的師友與史學」，(分項計畫三)，2013.1.1-2013.12.31，88,377元，國立中央大學邁向頂尖大學計畫。